Не славян на Руси не понимали потому и называли "німцями" (в разных вариациях, в примере украинский) (от слова "німий"), и страну их позже стали называть "Німеччина"
Вот посмотрим перевод "Немец, Германия" на другие славянские языки
Чешский - Němec, Německo
Хорватский - njemački, Njemačka
Украинский - німець, Німеччина
Словенский - Nemščina, Nemčija
Словацкий - Nemec, Nemecko
Сербский - Немачки, Немачка
Польский - Niemiecki, Niemcy
Боснийский - Njemački, Njemačka
Болгарский - Немски, Германия
Белорусский - Немец, Германія
Если посмотреть на весь список, то только русские, белорусы и болгары выпали из этого логического ряда, на белорусский, я думаю, оказал влияние русский язык, а вот что болгарами случилось не знаю. Относительно русского, думаю, в какой-то момент Московия, а позже Рос. Империя наладила связи с немцами, было приглашено много специалистов оттуда, вот они, наверное и педалировали эту тему, что бы их страну называли "правильно".