Ну, да, полиэтилен не является абсолютно герметичным материалом. Даже наоборот - в погоне за экономией, стараются максимально облегчить удельный вес полиэтиленовой пленки (пакета). Мало того, что толщина полиэтилена "стремиться к нулю", так ещё и увеличивается размер микропор и их количество на единицу поверхности.
Кстати, как отступление, есть еще и, так называемый, "дышащий полиэтилен", в котором специально допускаются (делаются) микропоры нужного размера.
Но, кроме этого, запах может остаться после процесса упаковки пахучего предмета. Во время упаковки, молекулы запаха осаждаются везде, в том числе и на внешней поверхности пакета, а потом эти "пахучие молекулы" парят с внешней поверхности, выдавая внутреннее содержимое пакета. Упаковка в несколько пакетов помогает слабо, по той же причине - во время упаковки запах загрязняет поверхность наружного, нового пакета.