"Кухню" работы аптечных сетей не знаю, но, с чисто теоретической точки зрения, могу предположить следующие причины:
1.Размер закупаемых партий. Есть так называемые количественные скидки, т.е. скидки за больший объём закупки. Если одна аптечная сеть закупает бОльшую партию лекарства, чем другая, ей его продают по более низкой цене за единицу. Соответственно, она может назначить на него меньшую розничную цену.
2.Используемые каналы закупки. Чем длиннее используемый сбытовой канал, тем больше в нём посредников, каждый из которых хочет кушать. Соответственно, цена растёт по мере движения по каналу. Если закупать у самого производителя или посредника, находящегося в сытовой цепочке ближе к производителю, то цена может оказаться ниже со всеми вытекающими последствиями.
3.Жадность=незнание законов экономики. Многие путают понятия прибыль и рентабельность. Те, кто стремится максимизировать прибыль, обычно устанавливают более низкие цены. Те, кто стремится максимизировать рентабельность, обычно устанавливают высокие цены.
4.Ценовая дискриминация. Это когда один и тот же товар продаётся разным покупателям по разной цене (формы ценовой дискриминации могут быть очень разные). Одна аптека может быть расположена в престижном районе и ориентировать свои цены на соответствующие доходы проживающих здесь людей. Другая - в бедном районе с соответствующими более низкими ценами.