Проводились начиная с двадцатых годов, ещё даже до образования СССР (Кронштадтский мятеж, Тамбовское восстание). Ну и после образования тоже.
Самые известные сейчас - это Новочеркасск (1962 год, кончилась массовым расстрелом протестующих) и 1968 год - протест на Красной площади против вторжения в Чехословакию. Но это были далеко не единственные случаи, и не первые, и не последние.
Если покопаться, то выяснится, что какие-то акции протеста случались каждый год. Не "почти каждый год", а реально каждый. В интернете на раз находится список таких выступлений, иногда по дурацким поводам (например, закрытие какой-тот религиозной обители или проигрыш спортивной команды). Иногда, как в 1953 году, возникали стихийные стычки между солдатами и гражданским населением (кончилось перестрелкой между солдатами и милицией). Иногда эти протесты были на межнациональной почве, как в том же 1953 году в Вильнюсе, или как позже столкновения в Дагестане, в Чечено-Ингушской АССР, да и в Прибалтике многажды.
Массовые акции протеста в 1962 году - это не только Новочеркасск, это ещё и Донбасс, Кузбасс, Иваново, Харьков, Якутия, даже - смешно сказать - забастовка на плавбазе в Охотском море. Причины те же, что и в Новочеркасске: повышение норм выработки без повышения зарплаты.
Довольно часто причиной протестов становился беспредел милиции. Это происходило в 1964 году в Бронницах, в 1967 году - во Фрунзе, в 1956 году - в Славянске (да-да, том самом), в 1957 - в Ленинграде... список длинный. Так что ментовской беспредел - это мода не последних десятилетий, традиции тут давние.
Регулярно то тут, то там вспыхивали беспорядки на окраинах под лозунгами отделения от СССР или какой-то сходной тематики, обычно в Прибалтике (одно из самых "ярких" таких событий - самосожжение студента Р. Каланта в Каунасе в 1972 году и последовавшие за этим волнения; как раз в это время я был почти по соседству - в Риге, и реакцию рижан на это хорошо помню) или на Кавказе.
Где-то начиная с рубежа 60-70х гг. нередки были выступления советских евреев, которых не пускали в Израиль ("отказники"). Что интересно, с того же примерно времени начались и протесты советских немцев, по той же причине - отказ в репатриации в Германию (например, Фрунзе, 1976 год).
Я вас не утомил? А то список тут может быть длииииииным... Ссылочки могу предоставить, если интересно.