Вообще-то такие вопросы желательно иллюстрировать скриншотами. Иначе придётся здесь чуть ли не энциклопедию писАть о всех возможных причинах таких сообщений...
Главная причина несоответствия реального размера свободного пространства диска с той цифирью, которую показывает Винда - файл на диске занимает немного (а иногда - намного) больше, чем прописанная в каталоге длина файла. Это просходит из-за того, что размер файла не совпадает с размером кластера на диске.
Запустите Блокнот, наберите в нём один символ (например +), сохраните в файл (например, Plus.txt), выйдите из блокнота и посмотрите (через правую кнопку) "Свойства" этого файла:
Это результат сохранения на диск ёмкостью 50Г, форматированный в файловой системе FAT32: истинный размер файла - 1 байт, занимаемое на диске пространство - 32 килобайта.
Сравним на другом диске:
истинный размер файла - 1 байт, занимаемое на диске пространство - 4 килобайта.
Как видим, если диск форматирован в FAT32, то чем больший размер диска (и, соответственно, размер кластера на диске), тем большие потери пространства.
А Винда считает занятый размер не как сумму фактически занимаемого на диске пространства, а как сумму размеров файлов. То есть, чем больше файлов хранится на диске - тем больше потери на "хвосты" от конца файла до границы кластера.
Если диск форматирован не в FAT32, а в NTFS, размер кластера по умолчанию 4 килобайта и потери на "хвосты" перестают зависеть от рамера диска. Но если на диске есть много фрагментированных файлов - потери пространства возрастают из-за роста количества записей на один файл. И могут быть тоже довольно ощутимыми. В FAT32 фрагментация файлов не влияет на потери дискового пространства.
Как с этим бороться?
Во-первых, разбить диск на несколько разделов. Моежм иметь до четырёх разделов, так что простор для творчества широкий. Один раздел (первый) должен быть только для операционной системы. И кроме системы на него не храним никакие пользовательские файлы. Так безопасней: если "упадёт" Форточка - её можно будет переустановить без потери своих файлов. Если не предполагается хранить файлы размером 4 Гб и больше - советую оставшиеся разделы форматировать в FAT32. Причём один из разделов отвести для "мелких" файлов и при форматировании указать размер кластера 1 килобайт. Потери дискового пространства при этом будут минимальными.
Ну и не забывать более-менее регулярно делать дефрагментацию дисков.