Если следовать строго правилам грамматики - то отчество от имени Яков должно звучать как Яковович, (как Иванович, Александрович, Валентинович) или в просторечии, Якович - (как Иваныч, Александрыч, Валентиныч). Но грамматика уступила место лёгкости произношения, потому что "Яковович" - 2 раза повторяется слог "ов", и можно подумать, что человек заикается, а "Якович" - можно поодумать, что отчество не от имени "Яков", а от имени "Як". Это имя звучало, как языческое, христианская церковь с таким отчеством не могла.
Вот и вставили в отчество звук "л", тем более, что в древнерусском языке, ещё до принятия христианства, с которым пришло имя "Яков", был суффикс "ль", который добавляли к словам, оканчивающимся на "в", чтобы сделать из них притяжательные прилагательные. Отголосок этого дошёл до нас не только в отчестве "Яковлевич", но и в названии города "Ярославль", которое изначально значило - "принадлежащий Ярославу".