Первый вариант возникновения, это сокращение, трудно произносимых, православных имен из святцев. Например, имя ребенка Пантелеимон, Панкратий, Панфил сокращали в обиходе до имени "Пан". Имя закреплялось и опять же, по отношению к нему, других членов семьи называли "Пан-ин"- Панин.
До имени "Паня, Панька" изменяли и имя Павел. Именно так называли моего двоюродного брата. Даже женские имена сокращались до имени "Паня", например, имя "Прасковья". Примерно так же возникла и фамилия "Ванин", "Ленин", человек имеющий отношение к Ване, Лене. Возможно, что некие переселенцы из данных народов, именовались на Руси, как "паны".
Польша , Литва и Чехия используют в обиходе слово "пан", то есть "господин". Поэтому одной из версий возникновения фамилии было что-то типа прозвища, означающее "сын пана", "внук пана"- в результате обозначая человека, как "Панин".