Есть разница в отражении в бухгалтерском учете этих операций. Если совершается сделка, не облагаемая НДС (по видам деятельности, перечисленным в НК), то отражение в учете проще, например, мы продаем программу, если предоставляем в налоговую акт на передачу прав и лицензионный договор, которые являются подтверждением на освобождение от НДС, то в документе сразу указывается налоговая ставка - "Без НДС" и НДС не начисляется, и все, больше ничего не нужно. Если сделать в 1С все правильно, налоговая декларация заполнится правильно автоматически.
Нулевая ставка чаще всего используется при экспорте и нужны на каждую сделку подтверждающие документы, которые предоставляются в налоговую, нулевая ставка применяется только после подтверждения налоговой права ее использования, и тут могут быть разные варианты, например, организация применила ставку 0%, а налоговая ее не подтвердила, тогда надо внести исправление, сторнировать записи в бухучете по ставке 0% и сделать корректирующие записи со ставкой 18%, и в декларации НДС тоже. Бывает наоборот, начислили по сделке НДС 18%, а потом налоговая подтвердила право на ставку 0%, тогда надо корректировать тот период, где было 18% и сделать дополнительный лист книги продаж со ставкой 0%. Делать все это в 1С - тот еще геморрой, лучше иметь доступ к справочной системе ИТС ПРОФ, там все подробно объясняется, как это сделать в 1С, с картинками.