Конечно при полоскании горла какой-то процент попадёт в желудок, но это микродозы, в отличии от препаратов, принимаемых внутрь. Поэтому лечение горла с помощью полоскания при грудном вскармливании считается безвредным для ребёнка.
Можно применять для полоскания горла травки: цветки календулы, мяту, шалфей, ромашку, корень алтея, листья эвкалипта, сосновые почки, кору дуба, душицу и т.д.
Из трав можно составить сбор (1:1, заваривать 2 ст. л. на 0,5 л кипятка, лучше в термосе и настаивать 12 часов, полоскать горло 3-4 раза в день) или купить готовый в аптеке.
Более подробно можно почитать здесь: http://www.vashaibolit.ru/1993-lechenie-gorla-pri-kormlenii-grudyu.html
Можно так же использовать для полоскания горла фурацилин.