Порядок обложения пенсий налогом на доходы физических лиц регулируется статьей 213.1 НК РФ.
Если кратко резюмировать положения этой статьи, то НДФЛ облагаются выплаты от негосударственных пенсионных фондов.*
Например, по трудовому договору работодатель перечислял за работника за свой счет страховые взносы в НПФ. Эти взносы в пользу работника НДФЛ не облагаются.
А вот когда работник начнет получать пенсию от негосударственного пенсионного фонда, то она будет считаться доходом, учитывающимся при определении налоговой базы, и будет облагаться НДФЛ.
При этом налог на доходы будет удерживаться НПФ и им же перечисляться в бюджет.
Стоит отметить, что в данном случае пенсионер становится налогоплательшиком НДФЛ, а значит может воспользоваться налоговыми вычетами - имущественными, социальными.
*сноска. Исключение - выплаты от НПФ, обязательства по которым были сформированы до 01.01.2005:
То есть с этих сумм НДФЛ удержали при перечисление взносов работодателем.