"Теория" не выдерживает ни малейшей критики - говорю как строитель и как коренная петербурженка. Была болотистая и лесистая местность и мелкие редкие поселения. Вдоль Невы встречалтсь рыболовецкие посёлки. Старый Питер стоит на карагаях - сваях из сибирской лиственницы. Как и Венеция, кстати.
При постройке здания Двенадцати коллегий, например, было забито около 3,5 тысяч свай.
При возведении Исакиевского собора - около 11 тысяч.
Сваи забивали в вязкий болотистый грунт, затем возводили каменный свайный ростверк (фундамент), а уже на него производили кладку толстых каменных стен.
Кстати, ещё в 60-е годы некоторые новые районы Ленинграда строились на свайных основаниях, правда уже железобетонных. Позже уровень грунтовых вод настолько понизился, что стали применять обычные ленточные фундаменты.
Питер строился не одномоментно. Он неоднократно перестраивался. Деревянные здания менялись на каменные, старые каменные надстраивались или перестраивались.
Что касается окошек-половинок старинных зданий, то нужно учитывать тот факт, что так называемый культурный слой постоянно растёт. Естественно, окна "опускаются" ближе к земле, а окна подвалов и вовсе полностью "уходят в землю".
Вот Вам фото дома стольника Петра, купца Троекурова, дом, построенный при Петре, одно из первых "типовых" зданий. Обратите внимание на окна первого этажа, наполовину "ушедшего в землю". А при входе пришлось сделать приямок и ступени вниз. На первом этаже, ло-моему, сейчас кафешка.