По разному.
например, в дождь, если машина закрыта от дождя, разряд может стечь по корпусу и влажным шинам в землю, не причинив даже машине серьезного вреда. Может уцелеть даже электрика, правда, не вся. Электроника и обмотки генератора почти наверняка сгорят от разности потенциалов. А вот людям может ничего не быть, так как обивка машина (сухая) является изолятором и корпуса, по которому пойдет разряд, люди не касаются. Получится аналог клетки Фарадея.
А вот открытые в дождь окна, влажная изнутри машина или (бывает и такое) сухая снаружи, может иметь последствия. Заряд не успеет уйти в землю, не имея даже такого плохого проводника, как воду, как следствие, машина может оказаться заряженной, пусть не надолго, а большая разность потенциалов может вызвать и мощные вторичные разряды (как правило, это происходит при пробивании изоляции, дефектов обивки, так как разность потенциалов в проводке может присутствовать и часть оборудования автомобиля имеет катушки индуктивности, способные накапливать заряд), в том числе внутри машины, может сжечь или испарить проводку, поджечь или подорвать бензопровод, бензобак и т.д.
Т.е. при попадании молнии у людей есть реальный шанс погибнуть в машине.
Правда, не сколько от разряда, сколько от возгорании или топлива, или проводки, или взрыве аккумулятора, или при пробивании молнией крыши (прямой поджог молнией внутренности салона).