Jasc Animation Shop - простенькая программа для новичков. Чтобы понять весь механизм создания анимаций, самое то.
Anime studi pro - спец. программа для создания 2D. Данная программа предназначена для создания векторной анимации. Имеет большое количество встроенных эффектов для анимации.
Adobe Flash - прога для создания флеш-анимаций. Самая популярное приложение для разработки мультов. Простой для использования интерфейс и множество инструментов для реализации своих идей.
TV Paint Animation - мощное приложение для создания мультов. Предназначена для создания 2D. Имеет суперский набор инструментов с которым можно создавать мульты самых разных стилей!
Toon Boom Studio - проф. приложения для разработки мультов. Направлена на воссоздания рисованной анимации в карикатурном стиле. Набор инструментов очень большой, что упрощает работу.
В целом хотелось бы сказать, что приложений для создания мультов огромное количество, но в нашем случае представлены самые популярные, которые пользуются огромным спросом. Good luck!