И всё же, главное отличие - в букве.
В основе обоих имён лежит латинское слово natalis, которое переводится, как "родной", "родина", "род".
В русский язык это имя пришло, как "Наталия", в просторечии оно преобразовалось в "Наталья". Со временем стало официальным, то есть в документе о рождении так и записывают: Иванова Наталья Ивановна. "Наталия" в наши дни встречается реже, но всё же бывает. В моём коллективе работают две Наташи - одна из них Наталья Ивановна, а другая Наталия Михайловна. Наталья Ивановна родилась в деревне, а Наталия Михайловна в Москве. При произношении разницы не заметно, но вот при заполнении документов важно правильно написать имя каждой из них, а то чревато может быть последствиями.
Ласковые производные от этих имён: Натуся, Наталка, Наташенька, Натуля, Ната, Наточка и другие.
К отличиям, пожалуй, можно отнести то, что сокращённой формой имени Наталия будет "Натали", а Наталья - это Наташа, но в жизни применимы обе формы к обоим именам.
Родившуюся девочку современные родители могут назвать, как Натальей, так и Наталией и разница будет всего лишь в написании букв.