Однозначного ответа я не нашел. Мне кажется, все эти разночтения можно объяснить тем, что в слове γλυκóς, буква υ в разные времена читалась и назывлась по-разному. В новогреческом она называется ипсилон. А в древнегреческом - упсилон (у похожее на ю, а еще больше похожее на немецкое ü. И тогда получается, что "гликоза" – это "перевод" с новогреческого, а "глюкоза" – с древнегреческого? Я решил посмотреть, в каких еще словах греч. υ перешло в русское "и". И вот что накопал.
Все слова, которые начинаются с "гидро", а не хюдро (хотя в оригинале ὕδωρ). Слова с "пиро-", а не пюро- (от πυρ). Хлорофилл (а не "фюлл"), молиблен, а не молюбден (у греков это был свинец), криптон, а не крюптон, анализ, а не аналюз и многие другие: гипер- и гипо-, дис- и диз-, катализ, энзим, динамо-, синхро-, крио-, окси-, цианид, хризантема и хризоберилл, цикло-, фито-, холецистит, миокард, тирозин, цистин и т.д. и т.п. Во всех этих словах на месте русской "и" у греков - ипсилон. В западноевропейских языках на месте υ обычно игрек (у), а не i. Я нашел (кроме глюко-) только один случай появления в русском языке буквы "ю" на месте "ипсилона": оксюморон (греч. οξύμωρον, хотя есть и написание оксиморон!). Возможно, есть и другие примеры.
Кстати, по-французски слово глюкоза пишется в двух вариантах: через у (glycose) и через u (glucose). Видимо, разные химические термины пришли в русский язык в разное время и из разных языков.
Кстати, интересно разъяснение в учебнике органической химии Несмеянова:
"Гликозид – типовое название, общее для алкильных и других ацетальных производных сахаров, глюкозид – термин, обозначающий такие производные именно глюкозы".