Увы, можно только гадать.
Фактов в описании вопроса слишком мало, а потому количество вариантов бесконечно.
Возможно, девочка эти отметки выпрашивала, и ей оценки ставили с натяжкой, под обещание улучшить свои результаты, доучить, подтянуть и т.п. И вот она, обещала учителю донести какие-то задания, он авансом ставил оценку, но обещание девочка не сдержала. И учитель поставил в итоге то, что она заслужила.
Возможно, девочка лукавит. Проблемы с предметом были и ранее, а отметки она исправляла. В пользу этой версии говорит якобы внезапная тройка вместо пятерки. Оценки текущие выставлялись в течение полугода, и если текущие оценки были пятерки - это можно доказать, а оценку исправить. Если текущие отметки - пятерки, тройку учитель не сможет вывести при всем желании. Она вычисляется из среднего балла текущих отметок.
Возможно, учитель таким образом решает межличностные проблемы в коллективе - например, портит успеваемость классному руководителю девочки из-за конфликта.
Возможно, девочка плохо написала все итоговые контрольные работы и выбрала физику для сдачи ЕГЭ. Тогда учитель не рискнул поставить отлично, понимая, что возникнут вопросы из-за расхождения результатов.
Возможно, учитель страдает психическим заболеванием, и оценки выставлял в момент помешательства.
Возможно, учитель собрался увольняться из-за конфликта с руководством и также решил подпортить статистику медалистов школе.
Возможно, в последнем полугодии сменился учитель, и девочка не подошла под требования нового преподавателя.
Возможно, учитель физики - мужчина, хотел от девочки секса, а за отказ наказал ее тройкой.
В общем, фантазировать можно бесконечно. Но если ближе к реальности - то "вдруг", на фоне отличных отметок, эта тройка не могла появиться. Были предпосылки.