Вообще то, при нормальном руководстве, любой аудит - будь то бухгалтерский, качества, маркетинга, персонала или чего другого, не должен ничем грозить.
Аудит, как внешний, так и внутренний должен быть направлен на выявление ошибок, недостатков и т.п. и их устранение для нормализации работы компании.
Другое дело, если предыдущие аудиты уже выявляли некую проблему, но ответственное лицо её так и не устранило. Тогда этот работник должен понести некое наказание. Правда, при этом, должен ответить и его непосредственный начальник, который не проследил за исправлением ситуации.