Программ для данной операции навалом. Самая распространенная HP USB Disk Storage Format Tool. Но лучше выйти на сайт производителя флешки и скачать фирменную утилиту для форматирования или восстановления конкретной модели.
Всеравно вы будете работать Acronis Disk Director 11 с разделами диска до установки самого дистрибутива. По этому его можно разместить на загрузочной флешке в любой рабочей папке.
Вообще, после создания загрузчика, хоть в корень флешки его кидайте, если не боитесь путаницы в списках файлов.
Щелкаем значок "Мой компьютер". Выбираем нужный диск. Нажимаем правую кнопку. Выползает список команд. Жмем на вкладку "Форматировать". Где "Файловая система", указываем нужную. Я в основном использую NTFS. Так же флешки и другие носители которые подключаем. Можно еще использовать Acronis Disk Director Suite. Интерфейс понятный. Описывать не имеет смысла.
Все до банальности обыденно. Вызываете меню форматирования флешки, в выпадающем списке выбираете нужную файловую систему (их там штуки четыре представлено обычно - NTFS, FAT, FAT32 и exFAT) и форматируете. По крайней мере в 7 винде поддержка этой файловой системы точно есть, соответственно в восьмой тоже. XP не помню, я, вроде, какую-то КВшку ставил, чтобы понимала.
Стандартом считается 10000. Только что читал статью, что 100000-500000. Но по своему опыту знаю, что даже одного неправильного форматирования достаточно, чтобы убить флэшку бесповоротно. Вот вчера, например, микросд загубил при выключении компа, пока она форматировалась.