Функции отключения звука в скайпе, пока что, не предусмотрено.
Можно полностью выключить звук на устройстве или только в этой программе.
Нажимаем на компьютере значок звука (регулирования громкости):
Далее жмем на "микшер" и видим примерно такое окошко:
Ставим ползунок в нужной программе (в нашем случае в скайпе) на ноль и готово. Программа не будет издавать звуков.
Если вас беспокоят именно звонки в skype, то просто выберете режим "не беспокоить" и будут только графические, а не звуковые оповещения.
Хотя, беззвучный режим был очень полезен, но будем надеться, что когда-то что-то подобное разработчики смогут сделать.