В принципе прописка нынче почти ни на что не влияет. Собственник жилья может сначала выписать всех, кто в его квартире прописан, а потом поставить вопрос о выселении. С несовершеннолетними ситуация такова: если это единственное их место жительства, а лица, осуществляющие за ними надзор (родитель(и), опекуны) не имеют собственного жилья и не могут его арендовать, то выселить таких несовершеннолетних владелец жилья не может. Зато он может подать в орган опеки запрос на лишение родительских прав в связи с невозможностью создания должных условий проживания детей, если дело дойдет до суда и лишения родительских прав или права опекунства, несовершеннолетние будут направлены из занимаемой квартиры в дом-интернат.
Если и этот вариант не проходит, собственник жилья вправе распорядиться квартирой по своему усмотрению, например, начать в ней капитальный ремонт или сдать ее в аренду вместе с проживающими там несовершеннолетними, например, азиатским гастарбайтерам в количестве 10-20 человек.
Так что в любом случае не нужно доводить ситуацию до эксцессов, а учитывать интересы всех сторон: как собственника, так и детей (они ведь там не просто так оказались и, как правило, в родстве с этим собственником). Просто на практике дети оказываются разменной монетой в дрязгах взрослых, о чем должны помнить обе конфликтующие стороны.