Получив определённые полномочия, Кромвель упразднил верхнюю палату парламента и назначил совет из своих боевых соратников-протестантов. При новом лидере были изданы следующие указы: запрет дуэлей в армии, юридический статус гражданских (без обряда венчания) браков, переход всего королевского имущества в государственную казну. Сам Кромвель получил звание генералиссимуса<span>[источник не указан 134 дня]</span>. Однако, взяв власть в свои руки (получив новый титул лорд-протектора), он начал наводить поистине «железный» порядок, фактически установив личную диктатуру (протекторат Кромвеля).
Кромвель жестоко подавил восстания в Ирландии и Шотландии. Так, 3 сентября 1650 года в битве при Данбаре была разбита шотландская армия, почти вдвое превышающая по численности силы англичан. Ровно через год, 3 сентября 1651 года, англичане под стенами Вустера под командованием Оливера Кромвеля одержали окончательную победу над шотландцами. Разделил страну на двенадцать военных губернаторств во главе с подотчётными лично ему генерал-майорами. Ввёл охрану главных дорог. Наладил систему сбора налогов. Деньги, причём немалые, на все преобразования он взыскал с побеждённых сторонников короля. Во время своего правления Кромвель заключил мир с Данией, Швецией, Нидерландами, Францией, Португалией и продолжил войну с давним врагом Англии — Испанией.
После того, как в стране установился порядок, Кромвель одобрил появление нового парламента. Когда в апреле 1653 года члены парламента, не переизбиравшегося с 1640 года, решили сделать своё членство пожизненным, Кромвель с группой мушкетёров явился на заседание и разогнал собравшихся со словами: «Я положу конец вашей болтовне». С этого момента он стал править страной единолично. Члены новой палаты общин, образованной в июле 1653 года, были фактически не избраны, а назначены Государственным советом, то есть Кромвелем. Однако новый орган не проявил полной покорности, и спустя всего 5 месяцев был распущен[2].
16 декабря 1653 года новоизбранный парламент объявил Кромвеля пожизненным «лордом-протектором» (буквально: Верховным защитником) страны, фактически с королевскими полномочиями. Ранее титул лорда-протектора эпизодически присваивался английским принцам, исполнявшим обязанности регента при малолетстве, серьёзной болезни или длительном отсутствии монарха. Последним носителем этого титула до Кромвеля был Эдуард Сеймур, правивший в период 1547—1549 от имени малолетнего Эдуарда VI[3].
Был избран новый парламент (сентябрь 1654 года) из 400 депутатов, который просуществовал немногим более года и в январе 1655 года был распущен. Новый парламент (1657) в «Смиренной петиции» предложил Кромвелю титул короля. Сам Кромвель отказался принять корону, но, будучи удостоен чести самому назначить преемника, нового лорда-протектора, согласился сделать свою власть наследственной[4]. Формально Англия оставалась республикой. По принятому закону Кромвель имел титул «Его Высочество» (англ. His Highness), руководил военными действиями и иностранными делами, назначал и смещал государственных чиновников, подписывал законы, учреждал титулы лордов (которые республика не отменила).
До самой смерти обладал популярностью у народа, в том числе благодаря имиджу «народного» политика в противовес респектабельным джентри и королю. Особенное значение в данном случае здесь имела такая черта Кромвеля, как абсолютная неподкупность. Также важно отметить, что Кромвель постоянно находился под охраной (существовало несколько подразделений, постоянно сменяемых друг другом по графику дежурства) и часто менял места ночлега.