Скорее всего данный стереотип появился от того, что девочки слабее.
К тому же, данная фраза относится преимущественно к мальчикам, которые иногда могут проявлять агрессию к слабому. Но тут идёт также, что малышей обижать нельзя.
Если смотреть исконно, то как раз к девушкам достаточно часто применялись физические наказания и сила, о чем свидетельствует Домострой и многочисленные частушки, сказки и т.д.
Но вообще эта фраза подразумевает, что девочек бить нельзя. И мальчиков тоже. Физическое насилие не выход, о чем свидетельствует то, что многих детей стараются учить решать все конфликты словами, а не кулаками.
Если резюмировать, то так говорят, потому что девочки, в силу своей хрупкости (особенно в детстве, за редким исключением), слабее мальчиков, и физическая сила по отношению к ним может привести к более печальным последствиям, чем по отношению к мальчикам. Да и это пережиток патриархальной эпохи, где сила - прерогатива мужского пола, а девушки - слабые создания, которых надо оберегать.