Игра, как программа, может принимать ключи/опции командной строки и среди них может быть что-нибудь для управления разрешением экрана. Скажем, если обычно для запуска вашей игры используется команда "/usr/local/games/my<wbr />game/runme", то может-быть её получится поменять на что-нибудь вроде "/usr/local/games/my<wbr />game/runme --resolution=1024x728"<wbr />. Как именно выглядит этот аргумент -- можно узнать либо из документации или с форумов фанатов или чтением исходных кодов игры (если имеются в наличии); в крайнем случае угадыванием или поиском подозрительных строк в самом исполняемом файле, например выполнив "strings /usr/local/games/myg<wbr />ame/runme | less".
Понятно, что эти примеры я привел для *nix-образной среды, но они могут быть адаптированы и для, скажем, windows.
Кстати, о windows. В этой операционной системе, в свойствах ярлыка можно не только подправить команду, использующуюся для запуска игры, но включить режим совместимости (поищите подобные флажки или радиокнопки среди вкладок диалогового окна со свойствами ярлыка), указав предпочтительный графический режим экрана (разрешение и глубину цвета) -- после выбора такого режима совместимости, при запуске игры посредством модифицированного описанным способом ярлыка, операционная система сначала изменит разрешение экрана, а затем запустит игру, и, с некоторой вероятностью, игра адаптируется под имеющееся разрешение и не будет устанавливать своё.
Наконец, хотя это, строго говоря, и не подходит в качестве ответа конкретно на ваш вопрос, но, возможно, стоит порыться среди конфигурационных файлов вашей игры (в случае с windows, кроме файлов стоит заглянуть ещё и в реестр; не знаю используется ли это понятие до сих пр в современных версиях этой ОС) -- игра обычно предоставляет штатные средства конфигурирования графики и, понятное дело, где-то хранить выбранные пользователем настройки, их надо только найти и подправить (естественно с сохранением резервных копий файлов [или веток реестра] -- на случай аварии).
Даже не знаю, что можно добавить. Во всяком случае, универсального решения нет и игрушка всё-равно может установить нужное ей разрешение экрана, если вы только каким-нибудь способом не запретите ей это сделать.