Указанное расстояние это что-то вроде средней арифметической. При определении этого параметра берётся расстояние по прямой и умножается на специальный коэффициент. А так как курс самолётов во время полёта строго определён, то вполне естественно, что они не могут лететь навстречу друг другу одним и тем же маршрутом. Для каждого воздушного судна назначен свой воздушный коридор. Один, например из А в Б пройдёт правее того, который летит из Б в А. Тот, который летит из Б в А, будет иметь коридор на высоте например в 9500 метров, а встречный - в 10000 метров. Взлёт и посадка, вход и выход в свой воздушный коридор и определяют ту разницу по времени полёта, о которой говорится в вопросе. Ну и не стоит забывать о том, что самолёты не могут подминаться строго вертикально и разворачиваться на месте. Для этого им необходимы расстояния, соответствующие из скоростям. Это ведь тоже занимает какое-то время. Десять минут там, пятнадцать здесь, пару раз по пять на повороты доя смены курса - вот и получается, что расстояние вроде бы одинаково, а время на его преодоление - разное.
Есть ещё один немаловажный фактор. Если брать за пример именное пункты, которые указаны в вопросе и немного "округлить" направления по отношении к сторонам света, то получается, что в одном случае самолёт летит на восток, а в другом на запад. То есть в одном случае конечный пункт отодвигается от самолёта со скоростью вращения планеты, а во втором, наоборот, приближается. И конечно же время преодоления одного и того же расстояния здесь будет разное. И частично оно зависит от высоты полёта и скорости полёта самолёта. Ведь согласитесь, та же МКС от этих А до Б пролетит за считаные минуты. А например какой-нибудь Ан-26 на высоте три-четыре тысячи метров, летел бы на час-два дольше, чем современный Боинг.
Думаю, что если оформить и отослать официальный запрос компании авиаперевозчику, то они смогут найти и ещё несколько причин, для объяснения этого факта.
