Ну, во-первых, это ведь отношения подруги. Поэтому решать-то всё равно ей, как продолжать отношения и продолжать ли вообще.
Если уж подумать серьёзно, то если подруга и её парень - взрослые люди (а оно, наверное, так и есть?), они должны понять, что раз любят друг друга - способны смириться с этим. Не должно быть никакого принуждения как со стороны парня, так и со стороны девушки. Никто из них не должен отрекаться от своих убеждений, своей веры, без своего собственного желания, под давлением. Реально любящие друг друга люди примут партнёра таким, какой он есть, не стремясь его переделать.
При этом нужно уважительно относиться к убеждениям второй половинки. Даже если оба - представители религий, которые резко негативно относятся к другой вере, всё равно. Хотя бы к своему избраннику/избраннице можно относиться уважительно. Всяческие издёвки, насмешки, или даже агрессия из-за религии ко своей второй половинке убьют любовь.
Что делать с гражданским браком, это тоже решать только им. В принципе, можно ведь официально оформить свои отношения в ЗАГСе, но не проводить венчания, или других религиозных ритуалов. Или провести два ритуала (по религии девушки и парня). Но это уже они должны договариваться друг с другом лично.
А так, скажу вам, я знаю людей разных религий, у которых счастливые семейные отношения. Православная + язычник, допустим. Или, знала сатаниста, который долгое время встречался с христианкой (по-моему, православной), но они расстались, и то расстались не из-за религиозных убеждений, а из-за других причин (разного отношения к деньгам, плюс ОНА изменила). Так что пусть не отчаиваются, всё возможно, главное - любить друг друга!