Я заполняю налоговые отчеты в программе Налогоплательщик ЮЛ - официальный сайт, где можно скачать программу. Программа более-менее удобная (хотя там много разных опций), постоянно обновляется, исправляется. Программа совершенно бесплатна, я ей пользуюсь лет пять уже. У нас в налоговой инспекции рекомендовали именно эту программу.
А вот сдаю пока по-старинке, прихожу с распечатанным отчетом и флешкой.
Можно направлять по электронным каналам связи, но обычно это платная процедура - ведь каналы связи обычно особым образом защищаются, - ключи, сертификаты и так далее, - поэтому за это надо платить. Занимаются этим разные предприятия в разных регионах. Иногда могут первое время обслуживать бесплатно, например полгода.
У нас в налоговой можно узнать, какие фирмы работают с ФНС для создания каналов связи, думаю, что в разных регионах они могут различаться.
В налоговой говорят, что в перспективе всех переведут на онлайн отчетность.
Видела пилотный проект по представлению налоговой отчетности в эл. виде на самом интернет-сайте ФНС России. В принципе, это самое разумное - чтобы ключи и сертификаты можно было получать в налоговой, там же рассчитывать на определенную техподдержку. Желательно, чтобы эти услуги были бесплатными, конечно.