Возможны оба варианта написания. Зависит это от структуры предложения и от того контекста в котором употребляется слово. В предложении слово "нерационально" может быть наречием, либо кратким прилагательным.
Независимо от того наречие это или краткое прилагательное стандартно пишется слитно.
Пример предложения. Данное предложение нерационально.
Раздельно пишется, если в предложении есть противопоставление с союзом "а".
Пример предложения. Данное предложение не рационально, а бесполезно.
Раздельно пишется, если употребляется со словами отнюдь не, вовсе не, совсем не и подобными этим.
Пример предложения. Данное предложение вовсе не рационально.
Раздельно пишется, если слово употребляется вместе со словом-пояснением (наречием) с приставкой ни-: ничуть не, нисколько не, нимало не и другими подобными.
Пример предложения. Данное предложение нисколько не рационально.