Почему есть стремление атомов собираться в кристаллы?..
Ну если просто: атомы сами имеют несколько направлений притяжения, где другие такие же атомы связаны наисильнейшей связью..
Т.е. с точки зрения физики есть "энергетические ямы", куда попадает атом и откуда ему выбраться можно только получив солидную энергию из вне (например при нагревании)...
Эти ямы находятся на определённом расстоянии, определяемые зарядом ядра, валентностью и т.д...
Есть такое понятие как решётки Браве, которые и описывывают порядок образования кристаллов как т.н. "сингонии"...
Таким образом построение кристаллов заложено в самой структуре ядер вещества (а иногда и в целом атома), которые и определяют расстановку в кристалле..
Напротив, внешние условия приводят к разным несовершенствам кристаллов: это примеси других атомов как включения в решётки (которые нарушают порядок), также поверхности и разделы сред также нарушают кристаллическую решётку и воспринимаются как примеси, также есть нарушения кристаллов в виде сдвига, как линейного, так и винтового... Все несовершенства в кристалле - это результаты внешнего воздействия, тогда как сами атомы стремятся к правильной кристаллической структуре, при создании монокристаллов полупроводников (например по методу Чохральского) как раз стремятся по максимуму исключить внешние воздействия, тогда кристаллы сам становятся в порядок..
Кстати о "самоорганизованном порядке": если набрать в некий сосуд небольших шариков (например горошин) и потрясти сосуд, то шарики примут определённое положение, это характирезуется минимальной энергией...