Если Фотошоп отказывается сохранять в формате *.jpg, то есть в выпадающем списке возможных для сохранения вариантов отсутствует jpg, то это может зависеть от режима изображения.
Например, если у вас вот такой режим (8-битный RGB):
то всё нормально, в jpg сохранить можно:
А если у вас вот такой режим изображения (16-битный многоканальный):
то выпадающий список будет очень коротеньким. Вот такой:
Видим, что там нет нужного нам формата jpg. Но если нужно сохранить именно в этом формате, то заходим в меню "Изображение" -> "Режим" -> меняем на RGB и сохраняем уже как хотим.
Многослойность изображения не влияет на возможность сохранения в jpg (по крайней мере, в последних версиях Фотошопа), и при выборе этого формата программа перед сохранением автоматически объединит все слои.