Для грузоперевозок отлично подойдет как УСНО, так и ЕНВД. Все зависит от количества машин, оборота.
Чтобы определить оптимальный вариант, надо знать примерно занятость.
Например, в ЕНВД сумма налога определяется из числа машин.
А при УСНО вы считаете налог с доходов или прибыли по вашему усмотрению.
Чтобы при регистрации выбрать систему налогообложения, достаточно вместе с заявлением на регистрацию подать заявление о выборе системы налогообложения.
Из личного примера скажу, что при одной машине выгодно УСНО, а от 5-10 машин лучше ЕНВД.
У вас есть выбор, выбирайте и рассчитывайте любой вариант. Главное, сразу подать заявление о выборе системы, иначе вас по общей просчитают.