Ответ очень простой.
Без этих республик, при прочих известных обстоятельствах, СССР прекратил бы существование к началу 1942 года. Незадолго до новогодних праздников началось бы обустройство новой германо-японской границы по Уралу.
Как известно, в Ленинграде было сосредоточено около 1/3 всей промышленности СССР. По тяжёлой и оборонной - так и поболее будет. В этом сценарии её захватывают (или в "лучшем" случае) наглухо блокируют в первые 10 - 12 дней боевых действий.
Ну ладно, часть предприятий заранее или же в пожарном порядке перебросили на восток. Но танки, самолёты, корабли и грузовики заправлять нечем. Вся нефть-то в Баку. На 2 - 3 недели накоплено импортных запасов и сберегаемых резервов. А потом... А потом останутся только мечущиеся в панике туда и сюда жалкие остатки пехоты, тающие под ударами танков, артиллерии и авиации противника, как эскимо в пустыне в полдень!
В Прибалтике во времена СССР производились электропоезда Рур, Автомобили РАФ, приёмники ВЕФ, даже жевачка. И много чего другого. Порты строились. С независимостью, почти всё производство благополучно развалилось. Сейчас Прибалтика живёт во многом за счёт российского транзита. Шпроты поставляла. Но халява заканчивается. Каждому своё. Финляндия поступила умнее. Их Россию любить никто не заставляет, но связи экономические с нами им выгодны.
Эстония, как и Польша, Финляндия, Латвия и Литва, обрели независимость после распада Российской империи и буржуазной республики в результате революции 1917 г в России. Перед Второй мировой войной СССР и Германия делили сферы влияния, и после заключения договора между странами о ненападении, известного как пакт Молотова и Риббентропа по фамилии министров иностранных дел двух стран, с секретными протоколами о разделе сфер влияния, две страны последовательно ввели войска в Польшу. До того Германией была занята почти вся остальная континентальная Европа. А после этого в 1940г СССР включил в свой состав три прибалтийских республики, которые пробыли в его составе до его распада в 1991 году.
Не думаю, что общий характер войны существенным образом бы изменился. Указанные в вопросе территории немецкие войска прошли достаточно быстро. В частности, на Северо-западе первые серьезные проблемы у немецких войск возникли только на Лужском оборонительном рубеже. Так что, хотя нужно уважать любые, даже маленькие территории, в данном случае никакого серьёзного влияние на ход Великой Отечественной войны наличие или отсутствие данных территорий в составе Советского Союза не отказало бы. А нюансах можно только гадать. Например, наличие в составе СССР той же Прибалтики позволило выиграть немного времени, но с другой стороны при защите этих рубежей было большое количества жертв. A переход кораблей Балтийского флота из Таллина в Кронштадт сопровождался большими потерями.
Настоящих советских романтиков привлекали Сибирь, Дальний Восток, "туманы и запах тайги". В Прибалтику же катили, в основном, наши отечественные "западники", они же будущие диссиденты и либералы, они же будущие белоленточники и демшиза. Короче те, кто хотел приобщиться к западному образу жизни. Кто ненавидел наш русский навоз и отсутствие в магазинах джинсов. Прибалтка в Советском Союзе - этакий островок западной жизни и материального благополучия. Продвинутые московские интеллигенты и студенты-вольнодумцы обожали посидеть за чашкой кофе где-нибудь в юрмальском кафе, воображая себя на набережной Парижа. Настроения тех лет прекрасно отразил будущий диссидент Василий Аксёнов в своей юношеской повести "Звёздный билет". В ней её герои, московские студенты, уезжая на лето в Прибалтику, говорили так - "Все едут на восток, а мы едем на запад!" Фраза, ставшая символом целого поколения советских интеллигентов и приведшая, в конце концов, к развалу Союза.
