Общего очень много - и церковь, и секта имеют какие-то каноны, правила, объект поклонения и пути сравнительно честного отъема денег у населения.
При этом церковь часто имеет статус официальной, государственной религии (ну или хотя бы подразумевается, что это так), тогда как все учения в сектах автоматически в сравнении с церковью объявляются ересью. Классические религии просто успели занять место и свою нишу под солнцем в свое время. Поэтому у них гораздо большее число последователей, чем у сект. Фактически секты по большому счету - это те религии, которые не успели в свое время стать религиями.
Официальные религии всегда выступают против сект, так как это прямая конкуренция.
Секты, как и религии, бывают разной степени воздействия на человека, от своеобразного общества по интересам до жесткого регламентирования всех сторон жизни. Сравните, к примеру, ислам и католицизм, первый намного нетерпимее. Самые жесткие секты - это тоталитарные, воздействующие на структуру личности и полностью отделяющие человека от жизни в обществе.
Секты в отличие от церкви необязательно бывают религиозными. Так, сообщества распространителей Амвея и прочей сетевой продукции тоже можно назвать сектами (некоторые исследователи впрямую это делают). Саентология тоже не имеет в своей основе классического религиозного компонента.