Не думаю, что Майкрософт есть дело до чьих либо документов. К сожалению или к счастью, практически все махинации, тем более скрытые от глаз сводятся к одной цели - поднять денег. Но Майкрософт - компания, зарабатывающих миллионы долларов, и им нет смысла кидать людей. Этот шпион, даже если и есть, нужен для того, чтобы выявлять недочёты в работе.
Если ничего не изменится, пробуйте использовать другие комбинации клавиш - бывают случаи, что некоторые установленные приложения меняют кодировку команд под "свои капризы".
Проще всего отсканировать документ из нескольких листов в один файл воспользовавшись программой Bullzip PDF printer она очень проста в управлении и скачать ее можно перейдя по этой ссылке как именно можно отсканировать документ из нескольких листов в один файл смотрите в видео ролике представленном ниже.
Если конфигурация типовая, то во всех документах есть возможность ручного редактирования номера, присвоенного системой. Если пользователь, обладающий подобными правами, но не обладающий достаточными знаниями по нумерации документов в 1С, руками исправит номер, то может произойти сбой в нумерации. Пример: системой присвоен номер ТД000000001. Пользователь руками исправил его на ТД000001/01. При формировании номера для следующего документа система возьмет номер "ТД000001/01" как последний. Следующий за ним будет ТД000001/02. Кроме того, когда сформируется номер ТД000001/99, система каждый раз будет снова пытаться его сформировать (так как резерв символов после "/" закончился) и пользователи будут получать ошибку (точную формулировку не помню, что-то вроде невозможно записать объект, так как указанный номер уже существует).
Если конфигурация доработанная и речь идет про самописный документ, нужно проверить грамотность написания данного документа. Обычно вновь написанные документы подключают к типовой подписке, создающей номер документа. Но могут быть и исключения, когда нужно сделать особый формат номера. Если же с написанием документа все ок, то см. вариант 1.
Если разобраться не удалось - пииште в личку, попробую помочь