Водный образ жизни в значительной степени определяет особенности анатомии, физиологии, экологии и поведения рыб. Среди представителей надкласса наблюдается значительное разнообразие как по внешним признакам, так и по строению и физиологии.
В ходе индивидуального развития хорда замещается позвоночником. Хорда выполняет роль опорного скелета лишь у личинок и зародышей. Затем она частично или полностью редуцируется, а её функция переходит к позвоночному столбу. У осетровых рыб хорда сохраняется в течение всей жизни (но вокруг хорды образуются верхние и нижние хрящевые дуги позвонков) . Остатки хорды сохраняются и у костных рыб в виде чёток между двояковогнутыми позвонками.
У рыб, кроме непарных плавников (спинного, анального, хвостового и жирового у семейства лососевых) , развиваются подвижные парные грудные и брюшные плавники. Движение рыб происходит за счёт боковых изгибов тела или только движений хвоста. Парные плавники выполняют функцию рулей, непарные — обеспечивают устойчивость тела. Но некоторые рыбы передвигаются за счёт взмахов грудных плавников (например, многие рыбы коралловых рифов) .
Пищеварительный тракт дифференцирован: у большинства видов есть желудок, кишечник подразделяется на тонкий и толстый отделы. Обычно хорошо развиты печень и поджелудочная железа.
Рыбы имеют непостоянную температуру тела, дышат жабрами. У рыб, обитающих в условиях недостатка кислорода, формируются добавочные органы дыхания, способные усваивать атмосферный кислород. Также некоторые рыбы заглатывают пузырек воздуха, который растворяется в окружающей жабры воде.
Имеют один круг кровообращения и двухкамерное сердце; у двоякодышащих намечается образование второго, лёгочного круга.
<span>В коже много слизистых желёз. Хорошо развита боковая линия. Кожа покрыта чешуями, хотя встречаются и бесчешуйчатые рыбы, например — сомы. Чешуи — защитные образования, могут иметь иногда сложное строение. </span>
