20 января 1604 года в Москву с посольством ко двору русского царя Бориса Годунова приехали послы во главе с князем татарского племени эушта Тояном, с просьбой о приёме эуштинского племени под власть Москвы и о возведении на реке Томи русского города для защиты эуштинцев от нападений воинственных соседей — киргизов и калмыков.
25 марта 1604 года Борис Годунов послал казачьего голову Гаврилу Писемского из Сургута и стрелецкого голову Василия Тыркова из Тобольска с заданием основать крепость на берегу реки Томи, в татарской земле, завести вокруг него государеву пашню и привести в подданство российскому царю окрестные народы
К 7 октября 1604 года все строительные работы были завершены, и эта дата и считается днём рождения Томска (День города отмечается 7 июня, так как осенью плохая погода часто мешает проведению праздника) . Он стал важным стратегическим военным центром, в течение всего XVII века обеспечивавшим безопасность местного населения — в 1614, 1617, 1657 и 1698 годах отражал набеги кочевников
В XVIII веке границы российского государства отодвинулись далеко на юг и восток, местные кочевые племена были усмирены, и Томск потерял своё оборонительное значение. Начиная с середины XVIII века и вплоть до советских времён Томск становится местом ссылки. Так, здесь были в ссылке Ибрагим Ганнибал, Гавриил Батеньков, Михаил Бакунин, Николай Эрдман, Густав Шпет, Николай Клюев
В 1719 году Томск был причислен к Енисейской провинции, в 1726 году — к Тобольской, а в 1782 году получил статус областного города Тобольского наместничества