Да, можно сказать, что в космосе может быть "плохая погода". Например, когда взрываются звёзды, или сталкиваются друг с другом. Тогда всё, что находится вблизи, подвергается негативному, разрушительному воздействию. То там, то там периодически это происходит.
Для Земли плохая космическая погода связана с угрозой столкновения с каким-нибудь крупным астероидом.
Кроме того, где-то через пару-тройку миллиардов лет наше Солнце так изменится, что жить на Земле станет уже невозможно нам. Так что тоже можно сказать, будет плохая погода в космосе для нас.
А также может так случиться, что в сторону Земли будет направлен мощный поток гамма-излучения от образовавшейся чёрной дыры или пульсара в нашей Галактике (эти объекты могут выбрасывать узконаправленные смертоносные потоки, в одном направлении). И тогда нам тоже каюк. Одно успокаивает, что информацию из космоса мы получаем с задержкой, а значит, если мы обнаружим, что в нашу сторону произошёл какой-то смертельный выброс из космоса, он дойдёт до нас через столько лет, сколько свет идёт от этой звезды.