Ни в чем.
Немецкий термин Anschluss(-ß в берлинском диалекте) значит соединение. В современной российской терминологии воссоединение Крыма с Россией, сравните. В современных германских изданиях даже совсем непророссийских термин Anschluss в контексте воссоединения Крыма с Россией употребляется все чаще, причем в прямом немецком смысле, а ни в каком другом.
Инкорпорирование или инкорпорация на тогдашнем юридическо-дипломатическом языке советского Наркоминдела значило совершенно тоже, что и Anschluss на современном немецком. Инкорпорация - вход в корпорацию с сохранением доли и делегировании части прав. Публичной корпорацией является, в числе прочего, государство, в нашем случае, СССР, в состав которого вошла добровольно Эстония, во всяком случае, номинально по решению собственного парламента.
Юридически это выглядит так, а не иначе. Все прочее - это идеологические потуги интересантов, геополитические интересы третьих сторон.
Аншлюсс в современной европейской историографии - это условный термин, означающий конкретное датированное историческое событие, обусловленное именно той политической обстановкой в Германии, Австрии и всей Европе: объединение Германии и Австрии без всяких коннотаций. А для германоязычных это не более, чем соединение, как было, так и осталось. Термины из немецкого отлично прижились в современных европейских языках после Второй мировой чаще всего с отрицательными коннотациями и в переносных смыслах: гестапо(Государствен<wbr />ная тайная полиция, в оригинале тайная государственная Geheime Staatspolizei, но по-русски правильно, как написано выше), юденфрай, и мн. проч.
Аннексии, оккупации и проч. термины с отрицательными коннотациями в отношении аншлюсса Австрии и инкорпорации Эстонии - это уже термины победителей и проигравших во Второй мировой, термины информационных войн, в стиле, если военщина, то израильская, если запускай, то космонавта, если аншлюсс, то аннексия, если инкорпорация, то насильственная.
Не надо впихивать невпихуемое. Юридически в обоих случаях все было оформлено правильно.
Реальная разница только в том, что в одном случае инкорпорировались германские земли, и они остались бы таковыми, если бы не оккупационная политика союзников, направленная на искусственное дробление на искусственные анклавы, государства и квазигосударства и тем ослабление проигравшей Германии, а в другом лимитроф, который был им всегда, своего рода переходящее знамя победителей в глобальных и локальных конфликтах.