Кору для субстрата орхидей повторно не используют вообще ни как после больного растения, ни как после здорового.
Не думаю, что тут дело вообще в ней самой.
Предположу, что речь идет об орхидее фаленопсис. Болезни фаленопсисов, если брать ту часть растения, что находится в горшке, в первую очередь определяют по наличию пятен черного или коричневого цвета на корнях и стеблю, образуемому листьями. Именно пятна могут говорить о появлении, например, гнили, требующей срочного удаления пораженных ею участков корней и, соответственно, пересадки орхидеи.
Если само растение в целом здорово, а субстрат (в данном случае кора) покрывается зеленым налетом, то здесь нужно семь раз подумать, чем один раз пересадить. Фаленопсисы крайне не любят, когда их лишний раз тревожат пересадками, отчего их пересаживают только во время болезни корней, явно тесно горшке, либо потерявшем свои свойства субстрате(перепревшая кора).
Зеленый цвет на коре вряд ли является плесенью, скорее всего, это микроскопические водоросли, появляющиеся под воздействием света и влаги. В данном случае возможно влажность в квартире повышена, а горшке мало отверстий для вентиляции, либо присутствует частый полив.
Водоросли для фаленопсиса не опасны. Сделайте побольше отверстий по на боковых стенках горшка, поливайте фаленопсис при полном посеребрении всех корней, чаще проветривайте помещение.