Личность Бориса Годунова, безусловно, одна из самих незаурядных, но одновременно неоднозначных, фигур в русской истории. Его правление началось ещё задолго до его восхождения на царский престол, во время регентства при царе Федоре Ивановиче.
В это время его политика отличалась благоразумием и умеренностью. В 1595 г. он восстановил некоторые города, потерянные в пользу Швеции во время прежнего правления. За пять лет до этого он отбил татарский набег на Москву, за что получил титул Конюший – устаревшее достоинство, которое считалось даже выше боярского. Он предоставил поддержку антитурецкой фракции в Крыму и предоставил хану субсидии в его войне против султана.
Годунов поощрял Московскую компанию (английская торговая компания) торговать с Россией, освобождая их от пошлин. Он строил города и крепости вдоль северо-восточных и юго-восточных границ России, чтобы сдерживать татарские и финские племена. Среди них стоит упомянуть Самару, Саратов, Воронеж, Царицын и другие города. Также он способствовал колонизации Сибири десятками новых поселений, в том числе Тобольск.
Во время его правления Русская Православная Церковь получила свой собственный Патриархат, поставив его наравне с древневосточными церквями и освободив тем самым от влияния Константинопольского Патриарха.
Впервые годы своего правления он был и популярен, и процветал, и правил хорошо. Годунов признавал необходимость достижения Российским царством уровня интеллектуального прогресса Запада, и сделал все возможное для проведения образовательных и социальных реформ. Он был первым царем, который массово ввез иностранных учителей, первым отправлял учиться за границу и первым разрешил строить в России лютеранские церкви.
После Русско-шведской войны (1590-1595) он преследовал цель получить доступ к Балтийскому морю и попытался дипломатическими средствами получить Ливонию. Он культивировал дружеские отношения со скандинавами и надеялся взять невесту из иностранного королевского дома, тем самым повысив достоинство собственной династии.
Но, говоря о периоде правления Бориса Годунова, стоить учитывать тот факт, что ему выпало управлять страной в один из самых тяжелейших этапов в русской истории, который позже войдет в анналы как период Смуты. Добившись значительных результатов, как во внутренней, так и во внешней политике, Годунову не удалось создать надлежащий авторитет, необходимый самодержцу Руси. Прерывание династии Рюриковичей сильно сказалось на престиже монарха, что заставило Бориса Годунова систематически бороться с самозванцами и восстаниями. Многие историки считают, что именно эта постоянная борьба за сбережение и упрочнение личной власти, в конечном итоге и погубила царя.