Герой и злодей с приставкой "супер" или без - понятия, осносящиеся к моральным ориентирам персонажа. Супергерой всех спасает, он на стороне добра - а в комиксах и их экранизациях до недавнего времени было очень чёткое разграничение между добром и злом. Злодей соответственно будет противостоять герою, нарушать законы, красть любимых девушек, взрывать города и делать прочие нехорошие вещи.
Протагонист и антагонист - понятия указывающие на место персонажа в сюжете. Протагонист = главный герой, антагонист в комиксах - суперзлодей. Или просто злодей, без приставки. За героя зритель или читатель должен сопереживать, а противоборство его с суперзлодеем часто является основным сюжетом.
Антигерой появляется тогда, когда протагонистом, главным героем комикса, становится человек, который далек от того, что принято считать добром. Он может быть как суперзлодеем - как в мультфильме "Мегамозг" или "Гадкий я", так и просто обычным парнем, в силу характера не способным на геройство. Отличный пример - фильм "Хранители". Один из главный героев осторожный полноватый парень, которому в общем-то плевать на спасение мира, а другой - жестокий параноик, который борется с преступностью просто вырезая всех преступников.
То есть когда суперзлодей или просто "не герой" становится главным героем комикса, его называют антигероем - это герой, который лишён "геройских" качеств. В Марвел антигероями, например, в какой-то момент стали Локи и Зимний солдат Баки, когда перешли на сторону добра.
