Для Windows XP, Vista, 7 практически одинаковая структура папок...
Удаляйте смело (папку удалить удастся не всегда, а содержимое - легко) в папке Windows:
1) Help (если редко пользуетесь справкой)
2) Prefetch (наполняется автоматически)
3) скрытые папки $NtUninstall*, $hf_mig$ - KB* (деинсталяция обновлений)
4) Media (в Vista и 7 осторожно - внутри темы оформления) - в основном *.wav файлы - звуковое оформление событий
5) system32\dllcache (библиотеки часто загружаемые в память при старте ОС) - после удаления вновь будет наполняться, в процессе удаления возможно возмутиться UAC
6) temp - временные файлы и папки
Другие папки трогать не советую. Поскольку даже если файл не используется, на него может быть ссылка в реестре. Получите бомбу замедленного действия.