Это смотря в какую часть "stalker" вы будите играть. Если вы будите играть в "Сталкер. Тень Чернобыля", то в конце игры Меченный уничтожает всю лабораторию в подземелье монолита, выходит от туда, ложиться на траву и Зона начинает оживать. Летают бабочки, поют птицы. Но это в чистой версии. Если вы будите играть в мод, но без изменения сюжетной лини типа "Скрытая аномалия", то после того как все квесты вы сделаете, то игра не заканчивается, вы свободно можете передвигаться по зоне и выполнять мелкие задания.
В "Сталкер. Чистое небо", весь сюжет главный герой по кличке "Шрам", гоняется за Меченным и в конце концов настигает его. Конец игры состоит в том, что идет ролик, который показывает, как Меченого в месте со Шрамом везут в каком-то грузовике. И тут парадокс, хоть и "Чистое небо" вышло после после "Тень Чернобыля", но эта часть как бы рассказывает предыдущую часть. Ведь как начинается "Тень Чернобыля"? Едет грузовик, переворачивается и там находят Меченого. А "Чистое небо" как раз на этом заканчивается.
"Сталкер. Зов Припяти". Тут все проще. Когда будут выполнены все квесты и встретившись с Меченым в Припяти, вы можете вместе с ним и еще с остальной группой покинуть зону, а можете остаться в зоне. Конец игры зависит от вашего решения. Улетаете-игра заканчивается, остаетесь, продолжаете играть, но главных квестов не будет. Просто мелкие задания. Вот такие концовки у этих трех частей.