Можно (ну хотя бы одним из видов озерных отложений является сапропель, а это один из лучших видов органических удобрений).
Правда, есть два ограничения, а с экологической точки, точнее даже с природоохранной, добавляется еще одно
Два вида ограничений с точки зрения сельского хозяйства
1 -- Не брать ил из водоемов, расположенных в зоне сброса сточных вод, радиоактивного загрязнения, бывших и нынешних военных городков и баз
2 -- Нежелательно использовать отложения с высокой долей минеральных веществ, а речной ил именно такой.
Словом, лучший ил из эвтрофных озер расположенных в чистой зоне, худший - речной ил.
Третье ограничение касается скорее сапропеля, как вида органических отложений озер, чем илов - нельзя в сельском хозяйстве использовать чистые органические сапропели из-за их малой распространенности и того, что они используются почти полностью в медицине (в водолечебницах и в качестве добавок к косметике).