Краснодарская команда основана в 1928 году (при НКВД Краснодара).
Имела названия:
"Динамо" - с 1928 по 1953 гг.
"Нефтяник" - c 1954 по 1957 гг.
"Кубань" - с июля 1958 по 1960 гг и с 1963 года.
"Спартак" — c июля 1960 по январь 1963 гг.
3 мая 1989 года основан профессиональный ФК "Кубань".
В 1935 году команда участвовала в чемпионате СССР. Тогда шло первенство городов. Из группового турнира (Ереван, Махачкала, Пятигорск) не вышла.
Успехом стала 1-я Спартакиада Северного Кавказа в 1944 году, где команда Краснодарского края заняла 1-е место по футболу. У Дагестана они тогда выиграли 11:0.
Команда играла в чемпионатах среди коллективов физической культуры, в лиге класса Б, во 2-м дивизионе. Были взлеты и падения, а также "невезуха" (реорганизация чемпионата в 1962 году), из-за чего команда никак не могла прорваться в высшие дивизиона. С 1963 года Кубань играет во 2-й группе класса А.
В 1970 году Кубань перешла во 2-ю лигу. В 1974 году она играет в Первой лиге (ещё не в Высшей). Затем она снова вылетает во 2-ю лигу.
Лишь 1979 год сложился для Кубани успешно, и с 1980-го года она играет в Высшей лиге. Но сезон 1982 года для неё сложился неудачно. Команда снова в Первой лиге.
После распада СССР Кубань оказалась в Высшей лиге (1992 год). Но к игре в Высшей лиге она была не готова и снова вернулась в Первую лигу.
Сезон 2004 года Кубань играет в Высшей лиге. Но достаточно неудачно. Единственный успех - победа над московским Локомотивом, который потом станет чемпионом, у себя дома.
Затем Кубань играет в Первой лиге.
В переходном сезоне 2011-2012 годов (весна-осень-весна) Кубань возвращается в Высшую лигу.
Успехом можно считать 6-е место на 1-м этапе турнира (2011 - весна-очень). У себя дома Кубань тогда выиграла у Спартака и Динамо. В завершающей части турнира Кубань попала в 8-ку лучших команд, которые разыграли путевки в Евро-кубки (6 путёвок). Тут Кубань все обошли, и она заняла 8-е место. Тем не менее, этот турнир можно считать успешным для Кубани.
В сезоне 2012-13 годов в Премьер-лиге Кубань выходит на 5-е место и попадает в Лигу Европы.
В Лиге Европы Кубань сыграла вполне достойно, хотя и не смогла выйти из группы в стадию плей-офф.
В сезоне 2013-14 годов Кубань держится в середине турнирной таблицы.