Аутоиммунных заболеваний существует великое множество. Обычно человек, страдающий каким-то из них, знает о своём недуге.
При аутоиммунном заболевании иммунитет "владельца" атакует клетки своего же организма. Если я не ошибаюсь, такая атака может возникнуть в отношении любого органа - кожа, желудок, кишечник, почки, поджелудочная железа, мышцы, щитовидная железа и др. Отсюда и огромное количество имеющихся в природе аутоиммунных заболеваний (каждое из них, ясное дело, по-разному называется - миастения, псориаз, аутоиммунный гастрит, болезнь Крона, болезнь Шегрена, неспецифический язвенный колит и т.д.).
Людям с такими заболеваниями ни в коем случае нельзя стимулировать свой иммунитет, напротив, они вынуждены едва ли не постоянно принимать т.н. иммуносупрессанты - препараты, его понижающие.
Наверняка, препарат, в инструкции которого Вы нашли информацию о противопоказаниях людям с аутоиммунными недугами, был из разряда иммуномодулирующих, то есть повышающих иммунитет (например, "амиксин", "арбидол", "кагоцел", "виферон", "гриппферон" и другие).