Просто это такая традиция. Причем традиции у разных народов разные. У евреев наоборот, чем у русских, национальность считается по маме, а не по отцу, получается, что у них род идет по женской линии.
Фамилии в России массово стали появляться только в 19 веке после отмены крепостного права. Зачастую фамилии образовывались от имени родителя, его рода занятий, места жительства или прозвища. Большинство образовывалось от родителя, но часть от родительницы. Николай - Николаев, Петр - Петров, кузнец - Кузнецов. Фамилии идущие от женщин (они оканчиваются на -ин): Марфин (от Марфы), Ольгин (от Ольга), Коровин (от прозвища Корова, которое наверняка имела женщина, а не мужчина).
В советское время, когда браки стали регистрировать в ЗАГСах, вступающие в брак сами выбирают фамилию, которую будет носить семья. И не известны случаи, когда муж брал фамилию жены, а еще чаще бывает, что ребенок берет фамилию матери, а не отца. Такие примеры все известны среди публичных личностей (пример Михаил Полицеймако носит фамилию матери, а не отца Семена Фарады. Денис Клявер тоже не взял фамилию отца Олейникова).
Так что, передача фамилии по мужской линии это традиция не всегда соблюдаемая и не обязательная для исполнения.