Это очень давняя история, как, впрочем, и сам орех - современник динозавров. Конечно же, родина ореха вовсе не Греция, древние греки, в частности, Теофаст, называли его персидским. А когда из Греции он попал в Римскую империю, то Марк Теренций в своём труде "О сельском хозяйстве" назвал его "жёлудем Юпитера - греческим орехом", причислив его таким образом к пище, достойной царей.
Так и прилипло название - греческий орех. Во всяком случае, в Россию его приводили греческие купцы.
Правда, иногда встречается в старых рукописях название "волошский орех", но, вопреки мнению некоторых исследователей, произошло оно не от названия местности, откуда его возили, а от древнерусского слова "волох", обозначавшего на Руси жителей романских стран.
Постепенно слово "греческий" в народе трансформировалось в "грецкий", хотя у Гоголя ещё встречается "греческий".