В русском языке далеко не каждая буква обозначает звук. Кроме того бывают звуки "беглые", которые возникают при определённых обстоятельствах, а при других исчезают.
Всё это можно найти в слове ручей. В его начальной форме можно увидеть и букву Е, обозначающую звук [э́], и букву Й, обозначающую звук [й]. Когда мы начнём изменять слово по падежам, то звук [э́] пропадёт, ударение станет падать на последний слог, появится буква Ь, не обозначающая никакого звука, зато следующая за ней гласная буква будет обозначать сразу два звука:
- ручья - [руч'йá]
- ручью - [руч'йý]
- ручье - [руч'йэ́]
и т. д. Транскрипция дана не по МФА, а согласно школьной программе.
Чтобы было видно покрупней и более наглядно, покажу отдельно форму род. п. ед. ч.
Склонение слова ручей наглядно показывает, что его основой является всё слово, а окончание в начальной форме нулевое.
Если нас интересует, состоит ли основа из одного лишь корня, то это легко проверить, подобрав однокоренные слова:
- ручеёк - [руч'эйэóк]
- ручьевой - [руч'йэвóй]
- ручейный - [руч'э́йный].
Из этих примеров видно, что корень у слова ручей - также всё слово, хотя беглый гласный появляется и в однокоренных словах, а одна буква может обозначать последний звук корня и первый - суффикса.
С буквами всё понятно, просто в разных случаях существуют разные способы обозначить звук [й]: либо специальной буквой, либо буквами Я, Ю, Е после буквы Ь. А что же делать с то появляющимся, то исчезающим звуком [э́]? Может ли такое быть в корне слова? Очень даже может! Когда при изменении слова в корне начинаются какие-то звуковые "пертурбации", то тот вид, в котором корень представлен в начальной форме, считается основным, а изменённые варианты называются алломорфами корня. Не так страшен алломорф, как его название, они встречаются даже в таких простых часто употребляемых словах, как рука - ручка (к/ч), друг - дружок (г/ж), брать - беру - собираю (-бр-/-бер-/-бир-).