Разноспоровые папоротники, в отличие от равноспоровых, имеют два вида спор: микроспоры, из которых развивается только мужской заросток, и макроспоры, из которых развивается только женский заросток.
Типичный представитель разноспоровых папоротников - сальвиния, небольшое плавающее по воде растение, в каждой мутовке её два листа надводных, зелёных, а третий лист, рассечённый на нити, находится под водой - на нём развиваются спорокарпии.
Все заростки у них однополые, очень редуцированные, часто лишены зелёной окраски, в то время как у равноспоровых папоротников заростки развиваются в почве, обоеполые, зелёные.
Прорастание спор и развитие заростков осуществляется внутри спорангиев, в то время как у равноспоровых папоротников - снаружи.
К равноспоровым относят большинство современных видов: щитовник мужской, кочедыжник женский, орляк обыкновенный и другие.