Слово "подлинность" произошло от прилагательного "подлинный" путем добавления к его основе суффикса -ость-. Исторического комментария требует происхождение самого прилагательного.
Наиболее популярная гипотеза состоит в том, что "подлинный" образовано от "подлинник", или "длинник", - названия древнего орудия пыток наподобие длинной палки.
Вторая гипотеза также связана с орудием пытки, только не с палкой, а с веревкой - линём.
Однако обе версии оказались неверными. Академик А.А. Зализняк установил, что ни "подлинник", ни "длинник" вообще не фиксируются в древнерусских памятниках, а "линь" - это заимствование XVIII в.
История слова "подлинный" была открыта благодаря обрывку берестяной грамоты XII в., где в качестве названия одежды зафиксировано "подлина" в значении "подкладка". Это и позволило установить подлинную этимологию слова.
Таким образом, "подлинный" - от "подлина", а оно, в свою очередь, - от "подлый", древнее значение которого - "нижний". Исторический корень этих слов - -под- ("нижняя часть чего-либо").